El Fútbol Club Motagua celebra hoy su 95 aniversario, fue fundado el 29 de agosto de 1928 por el poeta y deportista, Marco Antonio Ponce, y el señor Marco Antonio Rosa entre otros.

Su nombre deriva un sentimiento patriótico,ya que en ese momento histórico el país trataba de retener el Río limítrofe entre Honduras y Guatemala, pero que posteriormente se perdió y en honor a ese grito de batalla «del Motagua no pasarán» se bautiza a este recién nacido en Tegucigalpa, pero que hoy tiene afición en todo el país.

Su primer juego lo disputó el 25 de noviembre de 1928 ante los Tejeros del España de Tegucigalpa, en duelo realizado en la Cancha Lempira de Tegucigalpa.

Motagua alineó a Carlos Valladares, José María Zúñiga, Angel Raudales, «Latino» Gálvez, Marco Antonio Ponce, Máximo Cárcamo, Pedro Berríos, Basilio Kafaty, Arístides Raudales, Rómulo Mejía y Rómulo Reyes Flores.

El Motagua, dirigido por Lurio Martínez, disputó su primer partido internacional el 9 de abril de 1939 en la cancha San Felipe de Tegucigalpa contra el equipo Orión FC de Costa Rica, al que venció 3-0 con goles de «Gorgojo» Ramos.

Históricamente, el escudo de Motagua ha sufrido diversas modificaciones. El primero del que se tienen registros constaba de una M blanca con un fondo azul marino y el cual fue utilizado desde inicios de la década de 1930 hasta finales de la década de 1970.

A partir de la década de 1980, Motagua comenzó a utilizar como escudo un águila que está encima de un balón de fútbol. Posteriormente, a esta figura se le añadió la leyenda «Club Motagua» y una figura redonda de color azul marino como fondo.

No obstante, durante la década de 1990 se empezó a popularizar otro escudo en las camisetas del club, el cual era la cara de un águila mirando hacia la izquierda y con la leyenda «Motagua» en la parte inferior. En años posteriores, se lanzó un escudo bastante similar pero con la cara del águila mirando hacia la derecha y con la leyenda «C.D. Motagua».